A Főiskola irányítása személyi és testületi vezetéssel történik. A személyi vezetést a rektor, a testületi vezetést a Szenátus gyakorolja.
A Főiskola vezetői
- Dr. Rátkai Gergő Péter (Gauraszundara Kripamója Dásza) – megbízott rektor, főiskolai docens
- Dr. Tóth-Soma László (Gaura Krisna Dásza) – rektorhelyettes, főiskolai tanár
A Szenátus tagjai
- Rektor : Dr. Rátkai Gergő Péter (Gauraszundara Kripamója Dásza)
- Rektorhelyettes / Elméleti és Alkalmazott Jógatudomány Tanszék vezetője: Dr. Tóth-Soma László (Gaura Krisna Dásza)
- Vaisnava Teológia Tanszék vezetője: Dr. Jeney Rita (Amritánanda Déví Dászí).
- Gazdasági vezető / Tanfolyami Osztály vezetője: Németh Ádám (Akhilásraja Dásza)
- Tanulmányi Osztály vezetője: Csala Tünde
- Kommunikációs Osztály vezetője: Nagy Orsolya
- A Tanári Tudományos Tanács titkára: Holod Natália
- A HÖK delegált képviselője: Angyalosi Júlia Boglárka (Bhakti-latá Déví Dászí)
- A Bhaktivedanta Alapítvány megbízottja / Rector Emerita: Dr. Banyár Magdolna (Mahárání Déví Dászí)
Tanácskozási joggal:
- Dr. Sonkoly Gábor (Rádhánátha Dásza)
A Főiskolán két tanszék működik
- Vaisnava Teológia Tanszék – vezetője: Dr. Jeney Rita (Amritánanda Déví Dászí)
Tanszékvezető-helyettes: Markwarthné Lengyel Piroska (Puskariní Déví Dászí) - Elméleti és Alkalmazott Jógatudomány Tanszék – vezetője: Dr. Tóth-Soma László (Gaura Krisna Dásza)
Tanszékvezető-helyettes: Képes Andrea (Ranginí Déví Dászí)
A Főiskola szolgáltató szervezeti egysége a Bhaktivedanta Könyvtár.
Vezetője: Dr. Rátkai Gergő Péter (Gauraszundara Kripamója Dásza)
A Főiskola funkcionális szervezeti egységei
- Gazdasági Osztály – vezetője: Németh Ádám (Akhilásraja Dásza)
- Tanulmányi Osztály – vezetője: Csala Tünde
- Tanfolyami Osztály – vezetője: Németh Ádám (Akhilásraja Dásza)
- Kommunikációs Osztály – vezetője: Nagy Orsolya
A Főiskolán az alábbi testületek működnek
- Állandó Bizottság
- Fegyelmi Bizottság
- Felvételi Bizottság
- Jogorvoslati Bizottság
- Kreditátviteli Bizottság
- Minőségbiztosítási Bizottság
- Tanári Tudományos Tanács
- Tanulmányi Bizottság
- Tudományos Bizottság
- Záróvizsga bizottságok