A Magyarországi Krisna-tudatú Hívők Közössége (MKTHK) 1998-ban alapította meg a Bhaktivedanta Kulturális és Tudományos Intézet Alapítványt Budapesten.
Az Alapítvány a hindu vaisnava filozófia oktatási intézményeként az emberiség egyik legősibb filozófiájának és kultúrájának széleskörű megismertetését, illetve a vaisnava filozófia szakembereinek képzését és továbbképzését jelölte meg céljául.
Az MKTHK 2001-ben hozta létre a Bhaktivedanta Hittudományi Főiskolát, amelynek vaisnava teológus szakja 2003-ban nyert akkreditációt. A Főiskola 2004 szeptemberétől államilag elismert felsőfokú oktatási intézményként oktatja a hinduizmus vaisnava ágának filozófiáját, kultúráját. A Bhaktivedanta Hittudományi Főiskola elsőként a hinduizmus világvallását önállóan képviselő felsőfokú teológiai intézmény Magyarországon, illetve Európában, amely 2005 júniusában adta ki az első, államilag elismert diplomákat.
A Főiskolán folyó oktatás elveit A. C. Bhaktivedanta Swami Prabhupáda tanításai határozzák meg, aki a vaisnava vallásbölcseletet az Indián kívüli világban hitelesen terjesztette, ezért választotta őt az intézmény névadójául.
A Főiskola 2008-ban áttért a bolognai rendszerre, és elindította vaisnava teológia BA alapszakát, majd 2009-ben a vaisnava jógamester BA képzést, mely utóbbi az egyetlen akkreditált felsőfokú diplomát adó jógaképzés Európában..
2011-ben a Főiskola önálló épületbe költözött, amely Budapest III. kerületének festői részén, Csillaghegyen található, a Haré Krisna Templom tőszomszédságában.
A Főiskola 2014. szeptemberében indította el vaisnava teológia MA képzését.
